สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๒ กุมภาพันธ์ พุทธศักราช ๒๔๙๘ ซึ่งในปีนี้ครบรอบ ๕๗ ปี ของการจัดตั้งสำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ มีภารกิจหน้าที่ในการประสานงานและดำเนินการเกี่ยวกับงานเลขานุการและงานธุรการให้กับผู้บัญชาการทหารเรือ รองผู้บัญชาการทหารเรือ ผู้ช่วยผู้บัญชาการทหารเรือ เสนาธิการทหารเรือ และผู้ดำรงตำแหน่งอื่นตามที่ผู้บัญชาการทหารเรือมอบหมาย ตลอดจนการดำเนินงานและประสานงานเกี่ยวกับการส่งเสริมภาพลักษณ์และการประชาสัมพันธ์ของกองทัพเรือ จึงถือได้ว่าเป็นหน่วยงานที่จะช่วยให้การปฏิบัติงานต่าง ๆ ของผู้บังคับบัญชาระดับสูงเป็นไปด้วยความเรียบร้อย รวมทั้งดำเนินการเกี่ยวกับการนำเสนอภาพลักษณ์ของกองทัพเรือผ่านสื่อต่าง ๆ ไปสู่สายตาประชาชน เพื่อจะได้มีความเข้าใจดียิ่งขึ้นถึงภารกิจ บทบาทของกองทัพเรือที่ปฏิบัติหน้าที่ เพื่อความมั่นคงของชาติ การรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล และการช่วยเหลือประชาชน ปัจจุบันมี พลเรือตรี สุธีพงศ์ แก้วทับ เป็นเลขานุการกองทัพเรือ
จากภารกิจหน้าที่ของสำนักงานเลขานุการกองทัพเรือมีการแบ่งส่วนราชการออกเป็น ๒ กอง ๑ แผนก ประกอบด้วย กองเลขานุการ กองประชาสัมพันธ์ และแผนกธุรการ โดยงานด้านเลขานุการ มี กองเลขานุการเป็นผู้รับผิดชอบ ในส่วนของการดำเนินงานเรื่องการประชาสัมพันธ์ มี กองประชาสัมพันธ์ เป็นผู้รับผิดชอบและเป็นศูนย์รวมในด้านการประชาสัมพันธ์ของกองทัพเรือ ตลอดจนให้การฝึกและศึกษาวิชาการตามที่ได้รับมอบหมาย โดยการประชาสัมพันธ์มีแนวทางเพื่อให้ข้าราชการและประชาชนได้รับทราบข้อมูลข่าวสารการปฏิบัติงานของกองทัพเรือในด้านการปฏิบัติภารกิจหลัก คือ การเตรียมกำลังทางเรือให้พร้อมเพื่อป้องกันประเทศ การรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล การช่วยเหลือประชาชนที่ประสบภัยด้วยความรวดเร็ว ถูกต้อง และทันเวลา (ที่มา : สลก.ทร.)
