๒๙ กันยายน ของทุกปี เป็นวันคล้ายวันสถาปนาสำนักงานตรวจบัญชีทหารเรือ ซึ่งปัจจุบันได้ปรับโครงสร้างของหน่วยงานและเปลี่ยนชื่อเป็น สำนักงานตรวจสอบภายในทหารเรือ (สตน.ทร.) ตั้งแต่วันที่ ๑ เมษายน ๒๕๕๒ โดยในปีนี้ครบรอบ ๒๓ ปี
สำนักงานตรวจสอบภายในทหารเรือมีประวัติต่อเนื่องมาตั้งแต่ปีพุทธ ศักราช ๒๔๙๑ โดยเป็นหน่วยงานหนึ่งในกองงบประมาณ กรมการเงินทหารเรือ มีหน้าที่เกี่ยวกับงบประมาณ และตรวจสอบการเงินของส่วนราชการ ต่อมาในปีพุทธศักราช ๒๕๒๑ ได้มีการกำหนดหน้าที่ใหม่ จนกระทั่งในปีพุทธศักราช ๒๕๕๒ ได้มีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการและกำหนดหน้าที่ของส่วนราชการ กองทัพเรือ กองทัพไทย กระทรวงกลาโหม พุทธศักราช ๒๕๕๒ ปรับโครงสร้างจาก สำนักงานตรวจบัญชีทหารเรือเป็น "สำนักงานตรวจสอบภายในทหารเรือ เพื่อเพิ่มขีดความสามาถรของคุรภาพงานการตรวจสอบภายในให้มีประสิทธิภาพและ ประสิทธิผล ต่อการบริหารงานของกองทัพเรือมากยิ่งขึ้น โดยมีภารกิจหน้าที่ในการตรวจสอบให้ ครอบคลุมตามมาตรฐานการตรวจสอบรวม ๖ ประเภท คือ การตรวจสอบทางการเงิน การตรวจสอบการปฏิบัติตามข้อกำหนด การตรวจสอบการดำเนินงาน การตรวจสอบระบบงานสารสนเทศ การตรวจสอบการบริหาร และการตรวจสอบพิเศษ โดยได้เริ่มดำเนินการปฏิบัติตามภารกิจหน้าที่ตามโครงสร้างใหม่แล้วเมื่อพระ ราชกฤษฎีกามีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ ๑ เมษายน ๒๕๕๒ เป็นต้นไป ปัจจุบันมี พลเรือตรี หญิง ประกายวรรณ ทองคำวงศ์ ผู้อำนวยการสำนักงานตรวจสอบภายในทหารเรือ เป็นผู้บังคับบัญชารับผิดชอบ (ที่มา : สตน.ทร.)
