การฝึกภาคปฏิบัติในทะเลของนักเรียนนายเรือ เป็นการฝึกตามหลักสูตรการศึกษาของโรงเรียนนายเรือ หลังจากที่นักเรียนนายเรือชั้นปีที่ ๑ - ๔ และนายทหาร ป.บัณฑิต ได้ผ่านการศึกษาและสอบความรู้ทางทฤษฎีประจำภาคปลายปีการศึกษา เพื่อให้นักเรียนนายเรือได้มีความรู้ในวิชาชีพทหารเรือ สามารถปฏิบัติงานในเรือหลวงได้และมีประสบการณ์เพียงพอที่จะสำเร็จการศึกษา เป็นนายทหารเรือที่มีคุณสมบัติครบถ้วนตามมาตรฐานของกองทัพเรือ สำหรับนายทหาร ป.บัณฑิต เพื่อให้มีความชำนาญในสาขาวิชาต่าง ๆ โดยมุ่งเน้นการฝึกปฏิบัติการทางเรือสาขาต่าง ๆ การทำหน้าที่นายทหารประจำเรือตำแหน่งต่าง ๆ และความรู้ด้านวิชาชีพทหารเรือตามพรรคเหล่าให้สามาถรปฏิบัติงานในเรือหลวง ได้ และมีประสบการณ์เพียงพอและมีคุณสมบัติครบถ้วนตามมาตรฐานกองทัพเรือ
สำหรับการฝึกภาคปฏิบัติในทะเล ประจำปีการศึกษา ๒๕๕๕ จะทำการฝึกในพื้นที่บริเวณอ่าวไทย ทะเลจีนใต้ ทะเลชวา ช่องแคบสิงคโปร์ และช่องแคบมะละกา หมู่เรือฝึกโรงเรียนนายเรือ ประกอบด้วย เรือหลวงเจ้าพระยา (เรือธง) เรือหลวงบางปะกง และเรือหลวงปัตตานี โดยมี ขั้นตอนการฝึก ได้แก่ ขั้นเตรียมการ เป็นการเตรียมการด้านธุรการ วัสดุและอุปกรณ์การฝึกต่าง ๆ และปฐมนิเทศ ให้นักเรียนนายเรือมีความรู้และความคุ้นเคยกับเรือฝึก ตลอดจนฝึกพลศึกษาและการสถานีต่าง ๆ ให้พร้อมที่จะออกเรือทำการฝึกในทะเลได้ และขั้นการยาตราเรือและการฝึก จากนั้นเป็นขั้นการประเมินผลและเลิกการฝึก (ที่มา : รร.นร.)
