การฝึกกองทัพเรือ เป็นการฝึกที่สำคัญและทำการฝึกเป็นประจำทุกปี โดยมี กรมยุทธการทหารเรือ เป็นหน่วยรับผิดชอบการฝึก เป็นการฝึกในลักษณะบูรณาการด้วยการนำการปฏิบัติการทางทหาร การปฏิบัติการทางเรือสาขาต่าง ๆ ของส่วนกำลังรบ การปฏิบัติการและการสนับสนุนของส่วนอื่น ๆ มาทำการฝึกภายใต้สถานการณ์เดียวกันและใช้ทรัพยากรร่วมกัน โดยมีหน่วยต่าง ๆ ของกองทัพเรือ ทั้งจากส่วนบัญชาการ ส่วนกำลังรบ ส่วนยุทธบริการ และส่วนการศึกษา เข้าร่วมการฝึก รวม ๒๑ หน่วย ประกอบด้วย กรมกำลังพลทหารเรือ กรมข่าวทหารเรือ กรมยุทธการทหารเรือ กรมการสื่อสารและเทคโนโลยีสารสนเทศทหารเรือ กองเรือยุทธการ ทัพเรือภาคที่ ๑ ทัพเรือภาคที่ ๒ ทัพเรือภาคที่ ๓ หน่วยบัญชาการนาวิกโยธิน หน่วยบัญชาการต่อสู้อากาศยานและรักษาฝั่ง ฐานทัพเรือสัตหีบ ฐานทัพเรือกรุงเทพ กรมสารวัตรทหารเรือ กรมสรรพาวุธทหารเรือ กรมพลาธิการทหารเรือ กรมแพทย์ทหารเรือ กรมการขนส่งทหารเรือ กรมอุทกศาสตร์ กรมวิทยาศาสตร์ทหารเรือ กรมยุทธศึกษาทหารเรือ และโรงเรียนนายเรือ
การฝึกกองทัพเรือ ประจำปี ๒๕๕๘ ทำการฝึกระหว่างวันที่ ๒๖ กุมภาพันธ์ - ๑๕ พฤษภาคม ๒๕๕๘ ณ พื้นที่ฝึกบริเวณที่ตั้งหน่วย พื้นที่ปฏิบัติการ และพื้นที่ฝึกของกองทัพเรือ โดยมี พลเรือเอก พจนา เผือกผ่อง รองผู้บัญชาการทหารเรือ เป็นผู้อำนวยการฝึกกองทัพเรือ ประจำปี ๒๕๕๘ สำหรับแนวทางการจัดการฝึกกองทัพเรือ ประจำปี ๒๕๕๘ มีวัตถุประสงค์หลักคือ เพื่อทดสอบกระบวนการวางแผนทางทหารของหน่วยต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องตามแผนป้องกันประเทศ และเพื่อทดสอบการอำนวยการยุทธ์ของศูนย์ปฏิบัติการกองทัพเรือ และศูนย์บัญชาการทางทหารระดับต่าง ๆ ของกองทัพเรือตามโครงสร้าง และแนวทางการใช้กำลังของกองทัพเรือในปัจจุบัน โดยทำการฝึกในลักษณะ "รบอย่างไร ฝึกอย่างนั้น" คือ หน่วยจะต้องปฏิบัติภารกิจหน้าที่ใดในสถานการณ์จริง ให้ปฏิบัติภารกิจหน้าที่นั้นในสถานการณ์ฝึก ทั้งนี้ ได้นำปัญหา อุปสรรค ข้อขัดข้อง และข้อเสนอแนะของการฝึกกองทัพเรือในปี ๒๕๕๗ มาพิจารณาให้สอดคล้องตามแผนการปฏิบัติงานของหน่วย ซึ่งขอบเขตการฝึกครอบคลุมทั้งในส่วนของการส่งกำลัง การซ่อมบำรุง การขนส่ง และการบริการทางการแพทย์ โดยมีขั้นตอนการฝึก แบ่งออกเป็น ๓ ขั้นตอน คือ ขั้นเตรียมการฝึก, ขั้นการฝึก ประกอบด้วยการอบรมในห้องเรียน การฝึกปัญหาที่บังคับการและการฝึกภาคสนาม/ภาคทะเล และขั้นการสัมมนาสรุปผลการฝึก โดยห้วงระยะเวลาการฝึกที่สำคัญ คือ การฝึกปัญหาที่บังคับการ ทำการฝึกระหว่างวันที่ ๙ - ๒๗ มีนาคม ๒๕๕๘ การฝึกด้วยเครื่องจำลองยุทธ์ ทำการฝึกระหว่างวันที่ ๒๐ - ๒๔ เมษายน ๒๕๕๘ และการฝึกภาคสนาม/ทะเล ทำการฝึกระหว่างวันที่ ๒๗ เมษายน - ๓ พฤษภาคม ๒๕๕๘
สำหรับการฝึกภาคสนาม/ภาคทะเล ในครั้งนี้ ประกอบด้วย การฝึกให้ความช่วยเหลือด้านมนุษยธรรมและการบรรเทาภัยพิบัติ (HA/DR) และการฝึกค้นหาและช่วยเหลือผู้ประสบภัยในทะเล (SAR) โดยในส่วนของการฝึกให้ความช่วยเหลือด้านมนุษยธรรมและการบรรเทาภัยพิบัติ (HA/DR) มีวัตถุประสงค์เพื่อฝึกการบัญชาการของศูนย์บัญชาการเหตุการณ์ Incident Command Center บนเรือธง โดยเป็นการฝึกในภัยพิบัติระดับ ๓ กรณีภัยจากพายุขนาดใหญ่ เน้นการประเมินและวิเคราะห์ภัยพิบัติ การฝึกศูนย์บัญชาการเหตุการณ์ การทดสอบขีดความสามารถด้าน HA/DR ของหน่วยยุทธวิธี โดยสมมติสถานการณ์ว่า ได้เกิดภัยพิบัติจากพายุไต้ฝุ่นขนาดใหญ่ ในพื้นที่ ๔ จังหวัดภาคใต้ของประเทศ เป็นผลทำให้มีโคลนถล่ม อาคารทรุดตัว บ้านเรือนเสียหายจากพายุ เส้นทางคมนาคมถูกตัดขาด ระบบการติดต่อสื่อสารใช้การไม่ได้เป็นบริเวณกว้าง มีโรคระบาด ผู้บาดเจ็บและเสียชีวิตจำนวนมาก ทำให้ประชาชนได้รับความเดือดร้อนอย่างหนัก รัฐบาลประกาศยกระดับภัยพิบัติเป็นระดับ ๓ มีการจัดตั้งศูนย์บัญชาการป้องกันภัยแห่งชาติขึ้น เพื่อเป็นศูนย์อำนวยการสนับสนุนจากส่วนกลาง ส่วนกองทัพไทยได้สั่งการให้จัดตั้ง ศูนย์บรรเทาสาธารณภัยกองบัญชาการกองทัพไทย ส่วนหน้า ในพื้นที่จังหวัดชุมพร สำหรับพื้นที่ที่มีความเสียหายมากที่สุดและยังไม่มีหน่วยงานจากส่วนกลางเข้า ไปในพื้นที่ได้ คือ เกาะสมุย และเกาะพงัน นั้น รัฐบาลได้มอบหมายให้กองทัพเรือเป็นผู้บัญชาการเหตุการณ์เข้าควบคุมพื้นที่ ทั้ง ๒ เกาะ ในภารกิจการค้นหาและช่วยชีวิต การบรรเทาสาธารณภัยและช่วยเหลือด้านมนุษยธรรม ซึ่งมีขั้นตอนการปฏิบัติ คือ การรับแจ้งและระบบการรายงานสถานการณ์, การวางแผนขั้นต้น, การค้นหา/เข้าสู่พื้นที่ Locate, การเข้าถึงผู้ประสบภัยในพื้นที่เกิดเหตุ, การช่วยเหลือพยาบาล การเคลื่อนย้าย Stabilize และการนำส่งพื้นที่รองรับ/ส่งต่อสายแพทย์หรือพื้นที่พยาบาลโรงพยาบาลสนาม
ด้านการฝึกค้นหาและช่วยเหลือผู้ประสบภัยในทะเล เป็นการฝึกเพื่อเตรียมความพร้อมของหน่วยกำลังในทัพเรือภาคที่ ๒ โดยสมมติสถานการณ์และขั้นตอนการปฏิบัติว่า ทัพเรือภาคที่ ๒ ได้รับแจ้งจาก ศูนย์วิทยุประมง จังหวัดสุราษฎร์ธานี ว่ามีเรือประมงประสบเหตุอับปางบริเวณทางด้านตะวันออกของเกาะสมุย โดยมีกำลังที่เข้าร่วมการฝึกประกอบด้วย เรือตรวจการณ์ปืน จำนวน ๑ ลำ (เป็นเรือประสบภัย), เรือหลวงกระบี่ (เรือควบคุม), เรือยาง SAFETY พร้อมชุดปฏิบัติการพิเศษ, เฮลิคอปเตอร์แบบ ซูเปอร์ลิงซ์, เรือจากหน่วยอื่น ๆ ในพื้นที่ และรถพยาบาลจากมูลนิธิในพื้นที่ พร้อมเจ้าหน้าที่ (ที่มา : สลก.ทร.)
