สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ ๒ กุมภาพันธ์ พุทธศักราช ๒๔๙๘ ปีนี้ นับได้ว่าครบรอบ ๖๐ ปี ของการจัดตั้งสำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ แต่หน้าที่ของหน่วยงานนี้ ได้มีมาพร้อมกับการจัดตั้งกิจการทหารเรือ โดยเรียกชื่อหน่วยเป็นอย่างอื่น และมีหน้าที่ต่าง ๆ กัน ตามยุคสมัย เช่น กรมปลัดทหารเรือ สภากองทัพเรือ จนกระทั่งวันที่ ๒ กุมภาพันธ์ พุทธศักราช ๒๔๙๘ ได้มีการปรับปรุง หน้าที่ราชการกองทัพเรือ ในกระทรวงกลาโหมขึ้นใหม่ และได้จัดตั้งสำนักงานเลขานุการกองทัพเรือขึ้น
ปัจจุบัน สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ เป็นหน่วยขึ้นตรงกองทัพเรือ มีภารกิจ หน้าที่ ในการประสานงานและดำเนินการเกี่ยวกับงานเลขานุการ และงานธุรการให้กับ ผู้บัญชาการทหารเรือ รองผู้บัญชาการทหารเรือ ผู้ช่วยผู้บัญชาการทหารเรือ เสนาธิการทหารเรือ และผู้ดำรงตำแหน่งอื่นตามที่ผู้บัญชาการทหารเรือ มอบหมาย ตลอดจนการดำเนินงานและประสานงานเกี่ยวกับการส่งเสริมภาพลักษณ์และการประชาสัมพันธ์ของกองทัพเรือ จึงถือได้ว่าเป็นหน่วยงานที่จะช่วยให้การปฏิบัติงานต่าง ๆ ของผู้บังคับบัญชาระดับสูงเป็นไปด้วยความเรียบร้อย ราบรื่น รวมทั้งดำเนินการเกี่ยวกับการนำเสนอภาพลักษณ์ของกองทัพเรือผ่านสื่อต่าง ๆ ไปสู่สายตาสายตาประชาชน เพื่อจะได้มีความเข้าใจดียิ่งขึ้นถึงภารกิจบทบาทของกองทัพเรือที่ปฏิบัติหน้าที่ เพื่อความมั่นคงของชาติ การรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล และการช่วยเหลือประชาชน
สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ แบ่งส่วนราชการออกเป็น ๒ กอง ๑ แผนก คือ
๑. กองเลขานุการ มีหน้าที่ วางแผน และดำเนินการเกี่ยวกับงานเลขานุการ กิจการที่เกี่ยวข้องกับการประชุม การรับรอง การบริการ และการรักษาความปลอดภัยเกี่ยวกับเอกสาร และสถานที่ทำงานของ ผู้บัญชาการทหารเรือ รองผู้บัญชาการทหารเรือ ผู้ช่วยผู้บัญชาการทหารเรือ เสนาธิการทหารเรือ และผู้ดำรงตำแหน่งอื่นตามที่ ผู้บัญชาการทหารเรือ มอบหมาย
๒. กองประชาสัมพันธ์ มีหน้าที่ ประสานงาน กำกับการ และดำเนินการเกี่ยวกับการส่งเสริมภาพลักษณ์การประชาสัมพันธ์ของ กองทัพเรือ และผู้บัญชาการทหารเรือ รองผู้บัญชาการทหารเรือ ผู้ช่วย ผู้บัญชาการทหารเรือเสนาธิการทหารเรือ และผู้ดำรงตำแหน่งอื่นตามที่ ผู้บัญชาการทหารเรือ มอบหมาย เผยแพร่วิทยาการ และเป็นศูนย์รวมในด้านการประชาสัมพันธ์ของกองทัพเรือ ตลอดจนให้การฝึกและศึกษาวิชาการตามที่ได้รับมอบหมาย
๓. แผนกธุรการ มีหน้าที่ดำเนินการเกี่ยวกับ การธุรการ การสารบรรณ การกำลังพล การรักษาความปลอดภัย การส่งกำลัง และการบริการ ของสำนักงาน
จากการแบ่งส่วนราชการของสำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ จะเห็นว่างานด้านเลขานุการ กองเลขานุการ จะเป็นผู้รับผิดชอบ ในส่วนของการดำเนินงานเรื่องการประชาสัมพันธ์ นั้น กองประชาสัมพันธ์ เป็นผู้รับผิดชอบ โดยมีแนวทางในการประชาสัมพันธ์เพื่อให้ข้าราชการและประชาชนได้รับทราบข้อมูล ข่าวสารการปฏิบัติงานของกองทัพเรือ ในด้านการปฏิบัติภารกิจหลัก คือ การเตรียมกำลังทางเรือให้พร้อมเพื่อป้องกันประเทศ การรักษาผลประโยชน์ของชาติทางทะเล การช่วยเหลือประชาชนที่ประสบภัยด้วยความ รวดเร็ว ถูกต้อง ทันเวลา
สำนักงานเลขานุการกองทัพเรือ ได้ดำเนินการประชาสัมพันธ์ และนำเสนอข่าวสารข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับภารกิจของกองทัพเรือที่เป็นประโยชน์ ให้ประชาชนได้ทราบอย่างต่อเนื่อง ทางเว็บไซต์กองทัพเรือ http://www.navy.mi.th/sctr (ที่มา : สลก.ทร.)
